一、慶功宴后的野心火苗
論文見刊那天，302實(shí)驗(yàn)室罕見地提前下了班。林卷卷抱著剛打印出來的論文單行本，非要拉著江硯去學(xué)校門口的麻辣燙店“慶功”。
“江博士，你看這紅湯多像我們飆升的影響因子！”林卷卷舉著筷子，把一串魚丸浸在滾燙的紅油里，“二區(qū)頂刊只是開胃菜，下次我們直接上CNS豪華套餐！”
江硯看著她被辣得通紅的鼻尖，默默遞過一杯冰可樂：“先吃你的魚丸?！彼焐喜懖惑@，指尖卻在桌下摩挲著手機(jī)——屏幕上是Nature最新一期的目錄，其中一篇關(guān)于單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組的論文，被他標(biāo)了三個醒目的紅圈。
“說真的，”林卷卷吸溜著面條，突然正經(jīng)起來，“Dragon-Seq 2.0雖然牛，但總覺得還差口氣。就像打游戲通關(guān)了普通難度，不試試地獄模式怎么甘心？”
江硯抬眼，眼底閃過一絲笑意：“如果我說，有個方向可能打敗現(xiàn)有單細(xì)胞分析的范式，難度系數(shù)堪比同時解十道NP難題，你敢不敢接？”
“接！”林卷卷想都沒想就拍了桌子，麻辣燙的湯汁濺到白大褂上也毫不在意，“只要能發(fā)Nature，別說NP難題，讓我給測序儀唱《征服》都行！”
那天晚上，兩人踩著月光走回實(shí)驗(yàn)室。林卷卷拿著根樹枝當(dāng)劍，邊比劃邊喊：“Nature副本，我林卷卷來啦！小怪們接招！”江硯跟在她身后，聽著她把頂級期刊比作游戲副本，突然覺得那座遙不可及的學(xué)術(shù)高峰，似乎也沒那么陡峭了。
二、實(shí)驗(yàn)室黑板上的狂想曲
第二天一早，林卷卷剛沖進(jìn)實(shí)驗(yàn)室，就被黑板上的內(nèi)容驚得差點(diǎn)咬掉舌頭。
原本干凈的黑板上，被江硯用白色粉筆寫滿了公式和示意圖：從單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)的時間序列建模，到空間位置信息的整合算法，再到與蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的動態(tài)關(guān)聯(lián)……最后用紅色粉筆圈出三個大字：時空圖譜。
“這、這是……”林卷卷指著黑板，結(jié)結(jié)巴巴地說不出話。
“單細(xì)胞時空動態(tài)圖譜?！苯幉亮瞬潦稚系姆酃P灰，語氣平靜得像在說今天的天氣，“現(xiàn)有技術(shù)能測單細(xì)胞的基因表達(dá)，能看空間位置，卻沒法把時間維度加進(jìn)去——細(xì)胞是怎么從胚胎干細(xì)胞分化成神經(jīng)細(xì)胞的？腫瘤細(xì)胞在體內(nèi)遷移時基因表達(dá)如何變化？這些動態(tài)過程，我們現(xiàn)在只能靠推測?！?/p>
他拿起粉筆，在“時空圖譜”旁邊畫了個簡單的坐標(biāo)軸：“橫軸是空間位置，縱軸是基因表達(dá)，第三軸是時間。我們要做的，就是用算法給細(xì)胞‘拍電影’，讓它的每一個變化都無所遁形。”
林卷卷的眼睛越睜越大，手里的早餐面包“啪嗒”掉在地上：“這、這要是做出來，豈不是能直接看到細(xì)胞的‘前世今生’？”
“不止?！苯幍闹讣恻c(diǎn)在黑板上的一個節(jié)點(diǎn)，“如果能實(shí)現(xiàn)，癌癥轉(zhuǎn)移機(jī)制、胚胎發(fā)育奧秘、甚至神經(jīng)退行性疾病的病程進(jìn)展，都可能被重新定義?！?/p>
林卷卷突然撲到黑板前，拿起紅色粉筆在“時空圖譜”下方畫了個大大的游戲手柄，旁邊寫著：SCI大富翁之Nature副本開荒計(jì)劃——主線任務(wù)：解鎖細(xì)胞時空密碼。
“江博士，”她轉(zhuǎn)過身，眼睛亮得像藏了整片星空，“這副本，我跟你刷了！”
江硯看著黑板上嚴(yán)肅的科學(xué)構(gòu)想和幼稚的游戲涂鴉奇妙共存，嘴角的弧度再也藏不住。他拿起黑板擦，卻沒有擦掉那個游戲手柄，只是輕聲說：“先說好，這個副本的BOSS比你想象的難打?！?/p>
三、第一關(guān)：數(shù)據(jù)海嘯與代碼防線
開荒計(jì)劃啟動的第一周，林卷卷就體會到了“Nature副本”的下馬威——數(shù)據(jù)量。
為了構(gòu)建時空圖譜，他們需要整合三種數(shù)據(jù)：單細(xì)胞測序的基因表達(dá)矩陣（動輒幾十GB）、空間轉(zhuǎn)錄組的位置信息（三維坐標(biāo)點(diǎn)云數(shù)據(jù)）、以及顯微鏡拍攝的時間序列影像（每小時產(chǎn)生200GB原始數(shù)據(jù)）。
“這哪是數(shù)據(jù)啊，這是海嘯！”林卷卷盯著服務(wù)器的存儲容量報警界面，哀嚎著癱在椅子上，“我們現(xiàn)有的算力，處理這些數(shù)據(jù)就像用算盤解微積分！”
江硯正在調(diào)試新到的超算節(jié)點(diǎn)，聞言回頭：“我申請了學(xué)校的GPU集群資源，但調(diào)度優(yōu)先級不夠。需要優(yōu)化算法，把數(shù)據(jù)壓縮到現(xiàn)有算力能啃得動的程度?！?/p>
“壓縮？”林卷卷突然坐直，眼睛一轉(zhuǎn)，“有了！我可以用Transformer模型做特征提取，就像給數(shù)據(jù)‘脫水’！保留精華，丟掉雜質(zhì)！”
她撲到電腦前，手指在鍵盤上翻飛，屏幕上跳出一行行代碼：“你看，把基因表達(dá)矩陣當(dāng)成‘文本’，空間位置當(dāng)‘上下文’，時間序列當(dāng)‘語序’……說不定能訓(xùn)練出個‘細(xì)胞語言翻譯器’！”
江硯湊過去看，發(fā)現(xiàn)她竟把自然語言處理的思路嫁接到了生物數(shù)據(jù)上。那些原本雜亂無章的數(shù)據(jù)，在她的算法里被賦予了“語義”，冗余信息被精準(zhǔn)剔除，數(shù)據(jù)量瞬間壓縮到原來的1/5。
“邏輯……居然能自洽?！苯庪y得沒吐槽，指尖輕輕點(diǎn)在屏幕上的一個函數(shù)，“這里加個注意力掩碼，讓模型更關(guān)注時間維度的變化?！?/p>
林卷卷立刻照做，代碼運(yùn)行的進(jìn)度條飛速推進(jìn)。當(dāng)最終的壓縮率顯示為19.7%時，兩人對視一眼，都從對方眼里看到了興奮。
“第一關(guān)，通關(guān)！”林卷卷比了個勝利手勢，突然想起什么，“對了，這模型叫什么名字好？‘細(xì)胞壓縮餅干’？還是‘時空脫水機(jī)’？”
江硯：“……叫‘Temporal-Seq’?！?/p>
四、閻王爺?shù)睦涑芭c內(nèi)部的熱望
他們要沖擊Nature的消息，不知怎么傳到了閻正明耳朵里。某天組會結(jié)束，閻正明特意路過302實(shí)驗(yàn)室，陰陽怪氣地敲了敲門框。
“小江啊，有志向是好的，但也別好高騖遠(yuǎn)?！彼沉搜酆诎迳系摹皶r空圖譜”，嘴角撇出一絲嘲諷，“Nature可不是二區(qū)期刊，不是靠點(diǎn)小聰明就能混進(jìn)去的?！?/p>
趙宇跟在后面，假惺惺地附和：“就是啊江師弟，聽說你們連超算資源都申請不到？要不我跟閻老師說說，把我們組淘汰的舊服務(wù)器借給你們？”
林卷卷正調(diào)試著算法，聞言直接懟回去：“舊服務(wù)器就留給趙師兄當(dāng)游戲機(jī)吧，我們的代碼怕它跑起來自燃?！?/p>
江硯按住想沖上去理論的林卷卷，對閻正明說：“多謝導(dǎo)師關(guān)心，我們會按計(jì)劃推進(jìn)?！?/p>
閻正明見沒討到便宜，悻悻地走了。林卷卷氣得直跺腳：“他分明就是怕我們超過他！”
“所以才要更努力?！苯幋蜷_數(shù)據(jù)文件夾，“你看，張?jiān)菏堪阉洳氐男∈笈咛グl(fā)育數(shù)據(jù)集借給我們了。”
林卷卷湊過去，看到文件夾里的實(shí)驗(yàn)記錄密密麻麻，標(biāo)注著“2010-2023”：“張?jiān)菏恳蔡o力了吧！”
“他說，”江硯頓了頓，語氣里帶著不易察覺的鄭重，“龍騰大學(xué)該有篇能讓世界記住的Nature了?！?/p>
那天下午，計(jì)算機(jī)系的教授聽說了他們的計(jì)劃，主動派來兩個博士生幫忙優(yōu)化代碼；生科院的技術(shù)員偷偷塞給林卷卷一把細(xì)胞房的備用鑰匙：“凌晨三點(diǎn)的顯微鏡沒人搶，你們盡管用?！?/p>
實(shí)驗(yàn)室的黑板上，除了“時空圖譜”，漸漸多了些歪歪扭扭的留言：
“加油！等你們上Nature封面！”（來自隔壁實(shí)驗(yàn)室的師妹）
“代碼有bug可以找我，免費(fèi)！”（計(jì)算機(jī)系學(xué)霸）
“這是我珍藏的咖啡因片，熬夜必備！”（某不知名的熱心同學(xué)）
林卷卷看著那些暖心的字跡，突然覺得，這場Nature副本的開荒，他們不是孤軍奮戰(zhàn)。
五、深夜的泡面與星空
為了趕在國際單細(xì)胞大會前拿出初步成果，兩人幾乎住在了實(shí)驗(yàn)室。凌晨三點(diǎn)的302，永遠(yuǎn)亮著兩盞燈：江硯那邊是顯微鏡的冷光，林卷卷這邊是電腦屏幕的藍(lán)光。
某個深夜，林卷卷的代碼突然跑出一組奇怪的結(jié)果——小鼠胚胎干細(xì)胞在分化過程中，某個基因的表達(dá)模式呈現(xiàn)出周期性波動，像一串神秘的密碼。
“江博士！你快看這個！”她舉著電腦沖到細(xì)胞房，江硯正在給樣本染色，聞言立刻放下移液槍。
屏幕上的折線圖像跳動的心臟，在時間軸上畫出優(yōu)美的正弦曲線。江硯的呼吸瞬間屏?。骸斑@是……生物鐘基因？在單細(xì)胞水平上居然能觀測到這么規(guī)律的波動？”
“不止呢！”林卷卷調(diào)出空間分布圖，“你看它的表達(dá)位置，隨著時間推移在細(xì)胞內(nèi)移動，像在跳某種舞蹈！”
兩人對著那組數(shù)據(jù)研究了整整三個小時，直到窗外泛起魚肚白才意識到餓。林卷卷從抽屜里翻出最后兩桶泡面，用燒杯煮了開水。
“江博士，你說我們能成功嗎？”她吸著泡面，突然有點(diǎn)忐忑，“Nature那么難，萬一……”
“沒有萬一?！苯幋驍嗨?，把自己碗里的雞蛋夾給她，“你的代碼能跑，我的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)可靠，剩下的交給科學(xué)本身。”
林卷卷看著他認(rèn)真的側(cè)臉，突然笑了：“對！代碼能跑就是勝利！就算這次不行，我們再改再試，總有一天能把‘時空圖譜’敲進(jìn)Nature的接收列表！”
那天清晨，他們并肩站在實(shí)驗(yàn)室的窗邊，看著第一縷陽光照在“時空圖譜”的黑板上。林卷卷掏出手機(jī)，拍下這一幕，設(shè)成了屏保。
“Nature副本開荒日志，Day 15。”她在朋友圈寫下這句話，配了張泡面和黑板的合影，“BOSS很兇，但我們的裝備也在升級。沖！”
江硯刷到這條朋友圈時，正在調(diào)試顯微鏡。他猶豫了幾秒，點(diǎn)了個贊，然后把自己的手機(jī)屏保，換成了那張林卷卷趴在桌上睡顏的照片。
Nature之路注定布滿荊棘，但此刻的302實(shí)驗(yàn)室里，野心與信任正在悄悄發(fā)酵，像培養(yǎng)基里悄然生長的細(xì)胞，終將綻放出驚人的力量。