一、流水線的誕生:卷卷的“自動化野望”
實(shí)驗(yàn)室的空間肉眼可見地被數(shù)據(jù)吞噬。原本空曠的操作臺堆滿了樣本管,服務(wù)器的指示燈像星星一樣整夜閃爍,連掃地阿姨都學(xué)會了繞著“請勿觸碰”的測序儀走。
“江博士,我快成數(shù)據(jù)搬運(yùn)工了!”林卷卷抱著一摞記錄著斑馬魚胚胎數(shù)據(jù)的硬盤,累得直喘氣,“每天手動處理3000個樣本,我的腱鞘炎都快犯了!再這樣下去,別說Nature,我可能先出現(xiàn)在《中華手外科雜志》上。”
江硯正在顯微鏡下觀察第50組胚胎切片,聞言頭也不抬:“所以?”
“所以——”林卷卷突然從背后掏出一個平板電腦,屏幕上是個花里胡哨的流程圖,“我要打造‘卷卷のSCI印鈔機(jī)’!全自動化分析流水線,從樣本掃碼、數(shù)據(jù)上傳、預(yù)處理到初步建模,一條龍服務(wù)!以后我們只要躺著等結(jié)果就行!”
流程圖上,每個步驟都畫成了印鈔機(jī)的零件,最后產(chǎn)出的“鈔票”上印著Nature的封面。江硯扶額:“名字能不能正常點(diǎn)?”
“不能!”林卷卷把平板往他面前推,“你看這個模塊,我用了最新的目標(biāo)檢測算法,能自動識別斑馬魚胚胎的發(fā)育階段,比人工標(biāo)注快10倍!還有這個數(shù)據(jù)清洗模塊,自帶‘打假’功能,像閻王爺那種篡改數(shù)據(jù)的行為,一抓一個準(zhǔn)!”
江硯看著流程圖里藏著的“反閻正明”彩蛋,嘴角忍不住抽動。但不得不承認(rèn),這個想法確實(shí)能解決當(dāng)前的效率瓶頸。他指著其中一個節(jié)點(diǎn):“樣本溯源系統(tǒng)要加雙重校驗(yàn),避免混樣。還有,給我留個手動干預(yù)接口,我不放心你的‘全自動’?!?/p>
“收到!”林卷卷敬了個不太標(biāo)準(zhǔn)的禮,轉(zhuǎn)身撲回電腦前,鍵盤聲噼里啪啦響了起來,“SCI印鈔機(jī),啟動!”
二、首秀翻車:斑馬魚變“外星生物”
三天后,“卷卷のSCI印鈔機(jī)”正式上線。林卷卷特意穿了件印著“代碼改變世界”的T恤,還在實(shí)驗(yàn)室拉了條橫幅:“祝印鈔機(jī)開工大吉,早日產(chǎn)出CNS!”
第一個測試樣本是斑馬魚胚胎。只見機(jī)械臂精準(zhǔn)地抓起培養(yǎng)皿,掃碼器“滴”地一聲識別編號,數(shù)據(jù)像流水一樣涌入系統(tǒng)。林卷卷得意地對江硯挑眉:“看,多乖。”
話音剛落,系統(tǒng)突然發(fā)出刺耳的警報(bào)聲。屏幕上彈出一個紅色對話框:“警告!檢測到疑似外星生物樣本!形態(tài)特征與已知數(shù)據(jù)庫匹配度0.3%,建議上報(bào)星際科研中心!”
同時(shí)彈出的還有一張圖片:被算法標(biāo)滿紅色問號的斑馬魚胚胎,旁邊標(biāo)注著“頭部異常突起(可能為觸角)”“尾部呈現(xiàn)非地球生物螺旋結(jié)構(gòu)”。
“……”林卷卷的笑容僵在臉上,“不可能啊!我用了1000張斑馬魚圖片訓(xùn)練模型的!”
江硯走過去,指著圖片里胚胎旁邊的氣泡:“你的算法把氣泡當(dāng)成‘外星生物的能量源’了。還有,你是不是偷偷加了科幻電影里的外星生物圖片當(dāng)負(fù)樣本?”
林卷卷眼神飄忽:“就……加了一點(diǎn)點(diǎn)《異形》的截圖,想提高模型的‘警惕性’嘛……”
江硯沒說話,直接打開模型的訓(xùn)練日志。果然,在負(fù)樣本列表里,除了正常的雜質(zhì)圖片,還混著一堆外星怪物。他隨手點(diǎn)開一個標(biāo)注記錄,林卷卷給一只抱臉蟲標(biāo)了“閻王爺親戚”。
“林卷卷,”江硯的聲音冷得像液氮,“現(xiàn)在,立刻,把所有與實(shí)驗(yàn)無關(guān)的圖片從訓(xùn)練集里刪掉,重新訓(xùn)練模型。再敢加私貨,我就把你的鍵盤換成算盤?!?/p>
林卷卷縮著脖子點(diǎn)頭,心里卻嘀咕:明明識別得很有藝術(shù)感嘛……
那天下午,整個實(shí)驗(yàn)室都回蕩著林卷卷的哀嚎:“我的外星生物啊……就差一步就能聯(lián)系星際聯(lián)盟了……”江硯則在一旁,面無表情地幫她清理訓(xùn)練數(shù)據(jù),偶爾抬頭看一眼她氣鼓鼓的側(cè)臉,眼底閃過一絲無奈的笑意。
三、數(shù)據(jù)失蹤案:對照組的“神秘蒸發(fā)”
“印鈔機(jī)”剛解決完“外星生物危機(jī)”,又出了新岔子。
江硯在分析一組關(guān)于腫瘤細(xì)胞遷移的數(shù)據(jù)時(shí),發(fā)現(xiàn)對照組的數(shù)據(jù)憑空少了三分之一。他調(diào)出原始記錄,明明有60個樣本,到了分析結(jié)果里只剩40個。
“卷卷,過來?!苯幍穆曇羝届o得可怕。
林卷卷正哼著歌給印鈔機(jī)的界面換皮膚(換成了粉色的凱蒂貓),聞言心里咯噔一下:“怎、怎么了江博士?是不是覺得我的凱蒂貓皮膚特別能提升科研運(yùn)?”
“對照組數(shù)據(jù)?!苯幹钢聊簧系娜笨?,“解釋一下,另外20個樣本去哪了?被你的印鈔機(jī)吞了?”
“不可能!”林卷卷立刻檢查代碼,臉色漸漸變得慘白,“這、這是……數(shù)據(jù)清洗模塊的BUG!它把對照組里那些增殖速度較慢的細(xì)胞當(dāng)成‘無效數(shù)據(jù)’過濾掉了!”
原來她在寫過濾邏輯時(shí),誤把“實(shí)驗(yàn)組增殖速度高于對照組”設(shè)成了默認(rèn)前提,導(dǎo)致系統(tǒng)自動刪除了那些“不符合預(yù)期”的對照組數(shù)據(jù)。
“林卷卷!”江硯難得提高了音量,指著屏幕上的代碼,“科學(xué)實(shí)驗(yàn)最忌預(yù)設(shè)結(jié)果!你這是在犯科研大忌!”
林卷卷的眼圈紅了,手指無意識地?fù)钢I盤:“我不是故意的……我就是想讓數(shù)據(jù)好看點(diǎn),快點(diǎn)出結(jié)果……”
江硯看著她泛紅的眼眶,到了嘴邊的斥責(zé)突然說不出口。他深吸一口氣,調(diào)出代碼的歷史版本:“還好你開了版本控制。過來,我們一起改?!?/p>
那天晚上,兩人蹲在電腦前,一行行檢查數(shù)據(jù)處理的邏輯。江硯耐心地給她講實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的嚴(yán)謹(jǐn)性,從Fisher的顯著性檢驗(yàn)講到貝葉斯的概率思維,林卷卷則在旁邊認(rèn)真記筆記,時(shí)不時(shí)抬頭看他被屏幕光照亮的側(cè)臉。
“對不起啊江博士。”她小聲說,“我的印鈔機(jī)差點(diǎn)變成‘?dāng)?shù)據(jù)粉碎機(jī)’?!?/p>
江硯敲鍵盤的手頓了頓:“知道錯就好?!彼D了頓,補(bǔ)充道,“凱蒂貓皮膚……挺丑的,換回來?!?/p>
林卷卷“噗嗤”一聲笑了出來,眼淚還掛在睫毛上:“好!換成你喜歡的……純黑科技風(fēng)!”
四、救火隊(duì)長的日常與默契養(yǎng)成
“卷卷のSCI印鈔機(jī)”仿佛成了BUG制造機(jī),每天都能給江硯帶來新“驚喜”。
有時(shí),它會把“實(shí)驗(yàn)組”和“對照組”的標(biāo)簽弄反,導(dǎo)致江硯算出“腫瘤細(xì)胞越化療長得越歡”的荒謬結(jié)果;有時(shí),它會突然陷入“哲學(xué)思考”,在日志里寫“我是誰?我在分析什么?數(shù)據(jù)的意義是什么?”;最絕的一次,它把林卷卷偷偷藏在服務(wù)器里的追劇緩存當(dāng)成“重要實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)”,備份了整整三個硬盤。
江硯從此多了個新頭銜——“印鈔機(jī)救火隊(duì)長”。他的日程表上多了一項(xiàng)固定任務(wù):每天花兩小時(shí)檢查林卷卷的代碼,修補(bǔ)那些千奇百怪的BUG。
“這里的循環(huán)條件寫反了。”江硯指著屏幕,“導(dǎo)致數(shù)據(jù)重復(fù)計(jì)算了三次?!?/p>
林卷卷湊過去看,鼻尖差點(diǎn)碰到他的肩膀:“啊!我說怎么結(jié)果總是偏大呢!江博士你太神了!”
“這個異常值處理邏輯有問題?!苯幷{(diào)出可視化圖表,“應(yīng)該用IQR法,你用成了平均值加減標(biāo)準(zhǔn)差,把很多有效數(shù)據(jù)當(dāng)成異常值剔除了?!?/p>
林卷卷立刻拿出小本本記下來:“收到!以后異常值處理只信IQR,不信別的!”
兩人的距離在一次次并肩修BUG中越來越近。林卷卷會趁江硯專注時(shí),偷偷給他的保溫杯續(xù)上枸杞水;江硯則會在林卷卷熬夜寫代碼時(shí),默默給她披上自己的外套。
有一次,林卷卷為了修復(fù)一個頑固BUG,趴在鍵盤上睡著了。江硯輕手輕腳地幫她保存好代碼,剛想起身,卻發(fā)現(xiàn)她的手還搭在鼠標(biāo)上,而鼠標(biāo)指針,正停留在他寫的注釋旁邊——她用粉色的筆圈出了那句“邏輯清晰,值得借鑒”,旁邊畫了個小小的笑臉。
江硯的心跳漏了一拍,他關(guān)掉屏幕的藍(lán)光,在黑暗中看著林卷卷的睡顏,嘴角不自覺地?fù)P起。
五、“印鈔機(jī)”的成長與新的征程
雖然BUG不斷,但“卷卷のSCI印鈔機(jī)”在江硯的“調(diào)教”下,漸漸變得靠譜起來。它能精準(zhǔn)識別斑馬魚胚胎的28個發(fā)育階段,處理數(shù)據(jù)的速度比人工快了20倍,連最挑剔的張?jiān)菏慷键c(diǎn)頭稱贊:“這流水線,比我實(shí)驗(yàn)室的博士生靠譜?!?/p>
林卷卷在印鈔機(jī)的控制面板上貼了個小牌子:“BUG收集處”,下面壓著江硯寫的BUG清單,已經(jīng)密密麻麻記了三大頁。
“你看,我們的印鈔機(jī)越來越棒了!”林卷卷指著屏幕上流暢運(yùn)行的流水線,“昨天它還自動發(fā)現(xiàn)了一組異常的腫瘤遷移數(shù)據(jù),后來證實(shí)是樣本污染了!”
江硯正在核對最新的實(shí)驗(yàn)結(jié)果,聞言點(diǎn)頭:“嗯,勉強(qiáng)及格?!彼D了頓,補(bǔ)充道,“下次再敢在代碼里藏《甄嬛傳》臺詞當(dāng)注釋,我就把你的印鈔機(jī)改成‘卷卷の錯題本’?!?/p>
林卷卷吐了吐舌頭,心里卻甜滋滋的。她知道,江硯嘴上嫌棄,卻把她寫的每個模塊都研究得清清楚楚,連她自己都忘了的隱藏彩蛋,他都能找出來。
那天晚上,“卷卷のSCI印鈔機(jī)”處理完了第一組完整的時(shí)空圖譜數(shù)據(jù)。當(dāng)三維動態(tài)圖像在屏幕上展開,清晰地展示出斑馬魚胚胎從單細(xì)胞到多細(xì)胞的發(fā)育過程時(shí),林卷卷和江硯都屏住了呼吸。
“江博士,你看……”林卷卷的聲音有些發(fā)顫,“我們真的做到了?!?/p>
江硯看著屏幕上跳動的細(xì)胞,又看了看身邊眼睛亮晶晶的林卷卷,輕輕“嗯”了一聲。窗外的月光照進(jìn)來,落在“卷卷のSCI印鈔機(jī)”的標(biāo)牌上,仿佛給這臺充滿BUG卻又承載著野心的機(jī)器,鍍上了一層溫柔的光。
他們都知道,這只是Nature副本的一小步。但有彼此在,有這臺吵吵鬧鬧的“印鈔機(jī)”在,再難的關(guān)卡,好像也沒那么可怕了。